Servis destilátora vody spočíva v pravidelnej výmene základného vstupného filtra a filtračného média ionex (základný servis).
Základný servis sa vykonáva pravidelne minimálne 1x-2x ročne. Mení sa vstupný sediment-uhlíkový filter a ionexové médium (iontomenič). V prípade prevádzok, kde sa prísne sleduje vodivosť destilovanej vody na výstupe zo zariadenia, a v prípade zvýšenej vodivosti vody na výstupe sa mení ionex podľa potreby aj častejšie. Po dvoch, troch rokoch sa robí kompletný servis, kde sa okrem vstupného sediment-uhlíkového filtra a ionexu mení aj molekulárny filter, ktorý je umiestnený hore na konzole v hrubom valci s manometrom. Kompletný servis sa môže robiť aj častejšie, v prípade veľkej spotreby vody, a pri prísnejších nárokoch na kvalitu vyrobenej deionizovanej vody.